毛发移植的并发症发生率很低

只有不到0.1%的患者，在受区发生真正的感染，主要发生丘疹或脓疱丘疹;供区的缝线部位经常发生轻炎症，拆线后则立即减少并消失。当疑有部分感染发生时，应对渗出液取样培养，测定药敏，并且部分和周身运用抗生素，同期用温盐水部分湿敷，每天3次。

术中出血很少发生，且方便处理，只需将出血部位缝合即可。

瘢痕疙瘩和瘢痕增生的发生率也很低，只有不到0.1%.假如患者有瘢痕增生倾向，才能先试验性的移植一块游离头皮，这样有助于解决这一难题。75%的瘢痕疙瘩产生于美籍非洲人，所以在进行大面积移植前，应先试验性地移植一块游离头皮。

受术者中，动静脉瘘的发生率是1/5000，主要表现为搏动的小结节，这是因为在受区或供区，被切断的小动脉和小静脉，偶然连接在一起所致。若不处理，3～6个月后，可自然消失。也才能结扎小动脉和小静脉，切除小结节。

别的的并发症包括：毛发在即将掉落时散发异味;慢性毛囊炎;毛发掉落加速;卷发暂时性生长缓慢;受区产生锯齿状的“沟”以及切口裂开。以上并发症，均是暂时的，轻微的和罕见的，在进行毛发移植术时，应预先估计到。